Während die Grundlage der Wirtschaft weiterhin der Ackerbau bleibt, zeichnen sich im Laufe des späten Neolithikums bedeutende gesellschaftliche Umwälzungen ab, die augenscheinlich mit dem Aufkommen der Metallverarbeitung in Zusammenhang stehen. Aufgrund dieser wesentlichen Unterschiede zu den vorhergegangenen Zeitabschnitten wird der letzte Abschnitt der Jungsteinzeit als Kupferzeit hervorgehoben.
Die aus Kleinasien stammende Kenntnis des Werkstoffes Kupfer gelangt über den Balkan und das Karpatenbecken schließlich auch nach Mitteleuropa, wo erste kupferne Gegenstände, meist Werkzeuge oder Schmuckstücke, ab dem frühen vierten Jahrtausend v. Chr. belegt sind. Die Gewinnung und Verarbeitung des neuen Rohstoffes ist aufwendig und erfordert eine Vielzahl einzelner Arbeitsschritte. Im Zuge der Suche nach ertragreichen Erzen werden neue Lebensräume in für den Ackerbau ungünstig gelegenen, gebirgigen Regionen erschlossen. Dem Abbau der Erze folgt das Aussortieren tauben Gesteines und die mechanische Aufbereitung, um für die Verhüttung geeignetes Material zur Verfügung stellen zu können. Im Verhüttungsofen durchläuft das Kupfererz unter Hitzeeinwirkung verschiedene chemische Prozesse, deren Endprodukt nach weiterer Raffinierung das Metall Kupfer ist. Das so gewonnene Metall kann in Form von Barren verhandelt und schließlich zu den verschiedenen Endprodukten weiterverarbeitet werden. Die vielfältigen Prozesse der Kupfergewinnung erfordern einerseits ein spezialisiertes Handwerk und andererseits die Koordination der einzelnen Arbeitsschritte und begünstigen auf diese Weise die Herausbildung einer sozial differenzierten Gesellschaft.
Von überregionalen Kulturkontakten, die möglicherweise aus den neu gewonnenen Handelsbeziehungen entstanden sind, zeugen ortsfremde Formen. Die ebenfalls in diese Zeit fallende Erfindung des Rades verleiht dem Menschen eine größere Mobilität und begünstigt somit sicherlich weitreichende Verbindungen.
Neben dem neuen Werkstoff Kupfer bleibt Stein weiterhin ein wichtiger Rohstoff. Einfache Qualitäten können aus lokalen Lagerstätten gewonnen werden, selteneres Material, wie zum Beispiel der Obsidian, wird importiert. Auch Gold und Silber sind bereits bekannt, spielen aufgrund ihrer Seltenheit aber eine untergeordnete Rolle.
Gegen Ende des Neolithikums zeichnet sich eine Aufsplitterung der noch im Mittelneolithikum großräumig relativ einheitlichen Kultur in lokale Kleingruppen ab. Im Gebiet des heutigen Burgenlands folgt auf den Epi-Lengyel Kulturkomplex die Badener Kultur, beides anhand charakteristischer Keramikformen abgegrenzte Erscheinungen. Die letzte als neolithisch angesprochene Kultur ist die Glockenbecherkultur, deren keramisches Formengut bereits in die Frühbronzezeit überleitet.
Während das Fehlen von Grabfunden für die früheste Phase der Kupferzeit keine Aussagen über die geübten Bestattungssitten erlaubt, zeigt sich für die Badener Kultur ein klareres Bild. Es scheint hier zu einem Übergang von den anfänglich gängigen Brandbestattungen unter Hügeln zu Körperbestattungen in Hockerlage zu kommen. Meistens sind diese Körperbestattungen Ost-West orientiert, vereinzelt, so in St. Margarethen, wird der Leichnam mit einer Steinpackung abgedeckt. Für die Glockenbecherkultur ist eine geschlechtsspezifische Niederlegungsweise des Leichnams nachgewiesen. Beide Geschlechter werden in seitlicher Hockerlage, mit dem Blick nach Osten bestattet, jedoch liegt der Kopf bei Männern im Norden, bei Frauen allerdings im Süden der Nord-Süd orientierten Grabgrube.